Estando logado como root no seu servidor, no terminal ou via SSH, digite o seguinte comando:

clamscan -ri /home

Com o comando acima o Clamav vai fazer uma varredura no diretório /home e em todos os subdiretórios e só será exibido na tela os arquivos infectados (parâmetro -ri) que forem encontrados.

Você também poderá gravar o resultado do comando em um arquivo texto, para isso basta inserir o código > nomedoarquivo.txt no final do comando, ficando assim:

clamscan -ri /home > varredura.txt

Assim todo o resultado do comando ficará armazenado no arquivo varredura.txt.